济宁市司法局是市政府工作部门，中共济宁市委全面依法治市委员会办公室设在市司法局，接受中共济宁市委全面依法治市委员会的直接领导，承担市委依法治市委具体工作。

设市委依法治市办秘书科、办公室（挂应急指挥中心牌子）、法治调研督察科、组织人事科、宣传教育科、立法科、备案审查科、行政复议科、行政应诉科、行政执法监督科（对外使用市行政执法监督局名称）、普法与依法治理科、人民参与和促进法治一科、人民参与和促进法治二科（挂法律职业资格管理科牌子）、公共法律服务管理一科、公共法律服务管理二科、律师工作科、社区矫正工作科、监狱管理科（挂安全生产监察科牌子）、戒毒管理科、装备财务保障科、机关党委。